Rok 2003. V reakci na vzrůstající užívání důmyslného digitálního šifrování, jež by mohlo být potencionální hrozbou pro národní bezpečnost
Spojených Států, vytvořila NSA (National Security Agency - Národní Bezpečnostní Agentura) skupinu složenou z elitních specialistů. Pokud
selžou veškeré obvyklé postupy a možnosti nastupují na scénu s povolením provést akci „ po svém“. Tato přísně tajná organizace, pojmenovaná
Třetí Sekce (Third Echelon), je návratem ke klasickým metodám špionáže. Operuje na území nepřítele, kde vyhodnocuje nastalé situace a pomocí
svých bojových schopností zajišťuje potřebné informace. Vláda existenci této organizace popírá. Třetí Sekce má po celém světě rozmístěny své
buňky, známé jako Splinter Cells - elitní vojáci, samostatně operující v neznámém terénu, s podporou týmu ze zálohy. Splinter Cell - jako
střep ze sklenice - malý, ostrý a téměř neviditelný.
10. březen, 2004: CIA informuje NSA o ztrátě kontaktu se svými agenty operujícími v Gruzii. Jedná se o agentku Alison Madisonovou a dále agenta Blausteina, jenž byl pověřen jejím nalezením. Poslední zpráva je z Tbilisi, hlavního města, a je 7 dní stará. Obavy o životy agentů, nacházejících se možná v rukou teroristů, jsou hlavním důvodem pro zkontaktování jedné z buněk Třetí Sekce. Splinter Cell, jehož jméno je Sam Fisher, má za úkol lokalizovat pohřešované agenty a vyhodnotit situaci. NYNÍ JSTE Sam Fisher! Pracujte beze stop a splňte své poslání! Pamatujte si: Buďte tichý, neviditelný, přesný a rozhodný! Toto jsou vaše hlavní zbraně! Neexistujete! Jste SPLINTER CELL!
