Rok 2003. V reakci na nárůst užívání vyspělých technik digitálního šifrování k utajení možných nebezpečí pro národní
bezpečnost Spojených Států, vytvořila NSA (National Security Agency - Národní Bezpečnostní Agentura) skupinu složenou z
elitních specialistů. Tato přísně tajná organizace, pojmenovaná Třetí Sekce (Third Echelon), znamená návrat ke klasickým
metodám špionáže a díky nejmodernějšímu vybavení představuje jedinečný prostředek získávání informací na území nepřítele.
V případě že selžou obvyklé postupy, a stupeň možného ohrožení je vysoký, přichází na řadu právě Třetí Sekce. Vláda existenci této
organizace popírá. Třetí Sekce operuje po celém světě pomocí týmů pojmenovaných Splinter Cells - elitních jednotek sestávajících ze
samostatně operujícího agenta a jeho podpůrného týmu. Splinter Cells jsou jako skleněné střepy - malé, téměř neviditelné a nebezpečně ostré.
2006: Spojené Státy budují ve Východním Timoru dočasnou vojenskou základnu. Cílem je výcvik vznikajících obranných sil této „nejmladší světové demokracie“. Odpor proti přítomnosti americké armády v Jihovýchodní Asii narůstá, avšak výhružný postoj indonéských milicí k Timurské demokracii je považován za dostatečný důvod k obavám. Současně Spojeným Státům vyhovuje mít záminku ke zřízení aktivní vojenské posádky pár kroků od Severní Koreje a největšího muslimského obyvatelstva v Asii. Protiamerický odpor organizuje vůdce partyzánských milicí Suhadi Sadono, kterého neoficiálně podporují významné, zkorumpované frakce indonéské vlády. Suhadiho lidi zaútočili a obsadili americkou ambasádu v Jakartě, kde drží desítky rukojmích, většinou civilní a vojenský personál. Úkolem Sama Fishera, a tedy i vaším, není zachránit rukojmí, ale zničit tajné Americké dokumenty dříve, než se jich zmocní Suhadiho lidé.
