Rok 2003. V reakcii na nárast užívania vyspelých technik digitálneho šifrovania k utajeniu možných nebezpeční pre národnú bezpečnosť Spojených
Štátov, vytvorila NSA (National Security Agency – Národná Bezpečnostná Agentúra) skupinu zloženú s elitných špecialistov. Táto prísne tajná
organizácia, pomenovaná Third Echelon (Tretia Sekcia), znamená návrat ku klasickým metódam špionáže a vďaka najmodernejšiemu vybaveniu predstavuje
jedinečný prostriedok získavania informácií na území nepriateľa. V prípade že zlyhajú obvyklé postupy, a stupeň možného ohrozenia je vysoký,
prichádza na rad práve Tretia Sekcia. Vláda existenciu tejto organizácie popiera. Tretia Sekcia operuje po celom svete pomocou tímov pomenovaných
Splinter Cells – elitných jednotiek zostavených zo samotne operujúceho agenta a jeho podporného týmu- Splinter Cells sú ako sklenené črepiny –
malé, takmer neviditeľné a nebezpečne ostré. Voláte sa Sam Fisher a ste jedným z nich.
Smrť dcéry však Sama Fishera zmenila a už nie je tým kým býval. NSA ho preto pošle na najnebezpečnejšiu misiu akej sa kedy zúčastnil. Musí sa nechať zavrieť do vezenia aby následne z neho spolu s teroristom Jamiem Washingtonom unikol a úspešne sa infiltroval do teroristickej organizácie JBA. Čaká ho spleť misií, ktoré nielen že preveria jeho schopnosti ako agenta, ale aj jeho samotnú morálku. Ostane na strane dobra alebo sa pridá k teroristom?
