Rok 2003. V reakcii na nárast užívania vyspelých technik digitálneho šifrovania k utajeniu možných nebezpeční pre národnú bezpečnosť Spojených
Štátov, vytvorila NSA (National Security Agency – Národná Bezpečnostná Agentúra) skupinu zloženú s elitných špecialistov. Táto prísne tajná
organizácia, pomenovaná Third Echelon (Tretia Sekcia), znamená návrat ku klasickým metódam špionáže a vďaka najmodernejšiemu vybaveniu predstavuje
jedinečný prostriedok získavania informácií na území nepriateľa. V prípade že zlyhajú obvyklé postupy, a stupeň možného ohrozenia je vysoký,
prichádza na rad práve Tretia Sekcia. Vláda existenciu tejto organizácie popiera. Tretia Sekcia operuje po celom svete pomocou tímov pomenovaných
Splinter Cells – elitných jednotiek zostavených zo samotne operujúceho agenta a jeho podporného týmu- Splinter Cells sú ako sklenené črepiny –
malé, takmer neviditeľné a nebezpečne ostré. Voláte sa Sam Fisher a ste jedným z nich.
Japonsko vytvorilo I-SDF, čo je považované za porušenie medzinárodného práva, následkom toho narastá napätie medzi Japonskom, Čínou a Severnou Kóreou. Pod nátlakom Severokórejskej a Čínskej blokády lodnej dopravy v Kórejskej úžine, Japonsko vyžaduje pomoc od Spojených štátov v súlade s Americkými záväzkami článku 9, japonskej povojnovej stanovy.
Podľa nazbieraných dôkazov I-SDF, môžu za devastáciu Japonskej ekonomiky úmyselné informačné útoky.
Zatiaľ čo sa národy začínajú mobilizovať, Spojené štáty vyšlú krížnik USS Clarence E. Walsh do regiónu. Tretia Sekcia sa dozvie o zdanlivo nesúvisiacom incidente, ktorý môže vyústiť do globálnych rozmerov...
